香港大学音乐系的前身,是1930年代的音乐科(Faculty of Music)及传道书院校(School of Divinity),当时音乐科属文史学院下辖部门。当时的音乐教学为文史学院学生提供大学水平的音乐教育,及训练他们应付伦敦大学皇家音乐外文文凭。与此同时,传道书院校负责教授学生基督教神学及音乐(包括圣诗、圣乐指挥),装备他们在香港及世界各地服务。传道院校亦设有由港大及香港中华基督教协进会合办的音乐师资训练课程,为大中华培训音乐教育者。大学重建期间,音乐及传道院校的教学一度停顿,其后回复及再进一步发展。
1958 年文史学院重组,音乐教学正式从文史学院独立出来,成立音乐系,沿革至今。当时系里只有 7 名成员:4位老师、2名助理及系主任。音乐系自 1959 年起正式加入香港管弦乐团的音乐家作为特约教授,以提升音乐系的实践教学和演艺节目的水平。 1997 年协和书院 (Pui Ching 学校前身)、皇佑道及圣士提反书院并入本大学,该等书院原有的音乐教学合并成为大学的附属书院音乐组 (The Music Department of The Faculties),设于音乐系内,由音乐系统筹。为了提升音乐艺术的学术和教学,以及进一步实践艺术教育,港大音乐系于 2001 年与西湾河儿童合唱团 (现隶属香港艺术发展局西湾河儿童合唱团协会) 结盟为大学附属团体,把中、西方儿童合唱艺术水平提升到国际级水平。