首先日本研究生不是申请的，而是通过考出来的； 而且也不是每个导师都有研究生名额的，能考上的概率其实很小的。 和国内一样，先拿到毕业证和学位证，然后准备托福和雅思等语言成绩（个别学校和专业不需要语言成绩），然后根据自己的条件选择目标院校和专业，提前一年左右时间开始选导师，然后再来年的2-3月份参加学校的入学考（有的是研究所面试+学校复试）。
在入学考中一般会有笔试和面试，有的学校或者专业还会要求面试，具体视学校和专业而定，当然这些考试都取决于你报考的学校和专业，不同的学校不同专业的考核重点和方向也是不一样的。
总之，日本的研究生制度跟中国的学术培养方式不一样，不要想着可以走后门什么的，一切都是以考试成绩说话！不过如果你日语很流利，并且跟教授沟通良好，很多情况是可以通过沟通让教授破例让你参加考试的，但是这种情况纯属个例，几率非常小。
冯飞霞优质答主一般来讲，大学院课程的申请要经过的手续：提交申请材料--支付审查费用--参加入学测定考试--进行入学审查等几个阶段。
在申请时须提交的材料包括：毕业证明书和履历书等过去教育研究方面的证明书、学力考试成绩证明等等。除此之外，根据不同的学科，有些还要求提交入学申请书、教授的推荐书、受推荐理由书和自己选择主攻的学习及研究计划书等。提交上述材料之后要支付审查费用，对于国外的申请者大多数学校要求用美元支付这笔费用。
在提交了材料和审查费用之后，就可以取得参加入学测定考试的资格参加外语、日语、专业课题、实验和口试等测验。最后学校的审查委员会根据其成绩及履历等决定是否合格。一般来讲，专业考试和入学审定在日本本土进行，但近年来随着外国申请者的增多，有的学校也开始在日本以外的地区进行国外考试。对于在日本国内申请者一般在６月前后公布合格者名单，１０月入学。对于国外申请者一般在４月前后公布合格者名单，４月或１０月入学。
申请大学院课程的手续不是只通过一次考试那么简单和容易的。必须准备好充分的资料，而且必须花费许多时间和精力。在日本，由于大学和大学院是两个分开的教育机构，大学毕业后申请大学院的人很多，因此入学考试的竞争相当激烈。有的大学虽然连结大学和大学院，但也是作为两个分开的机构对待的。申请大学院时，推荐者的受推荐理由书和申请者自己写的受推荐理由书、履历书及入学申请书等占有很重要的地位。所以申请时一定要注意其内容的具体性、可靠性和真实感。
